Секвенаторы ДНК 2-го поколения NGS Аксессуары

Набор содержит один планшет, заполненный 32 одноразовыми бар-кодами, и закрытый прокалываемой фольгой, что исключает риск перекрестного загрязнения между лунками. Бар-коды можно гибко использовать с шагом от 1 до 32, пока не закончатся все бар-коды. При использовании вместе с полосками для библиотек Ion Torrent Genexus 1 и 2AS этот набор обеспечивает гибкую, полностью автоматизированную подготовку и стандартизацию до 32 библиотек Ion AmpliSeq.

Применение

• Секвенирование, таргетное секвенирование библиотек;
• автоматизирует подготовку библиотек для библиотек Ion AmpliSeq с 200-400 базовыми считываниями;
• экономически эффективная поддержка вариабельности образцов для клинических исследований;
• максимальная гибкость благодаря возможности подготовки от 1 до 32 библиотек с одним пулом за прогон;
• обеспечивает параллельную обработку до четырех совместимых анализов за один цикл;
• быстрая и простая настройка прибора, занимающая менее пяти минут.

Характеристики

• Количество реакций, 32;
• тип образца — ДНК, РНК;
• тип секвенирования — секвенирование генома, ДНК и РНК;
• совместимость с оборудованием — интегрированный секвенатор Genexus.

Транспортировка и хранение — при комнатной температуре.

Предназначен для быстрого, всестороннего и широкого анализа смешанных микробных популяций с использованием ионного полупроводникового секвенирования Ion Torrent. Набор позволяет проводить ПЦР-амплификацию гипервариабельных участков гена 16S рДНК бактерий.

Набор включает 2 типа праймера, которые могут быть использованы для амплификации соответствующих гипервариабельных областей гена 16S рДНК бактерий, как по отдельности, так и вместе:

• набор праймеров V2-4-8;
• набор праймеров V3-6,7-9.

Эти комплексные наборы праймеров позволяют точно обнаруживать и идентифицировать широкий спектр бактерий до родовой или видовой принадлежности. Наборы праймеров сопряжены с набором Environmental Master Mix v2.0, который устойчив к высокому уровню ингибиторов ПЦР сложных образцов, таких как образцы окружающей среды, пищевых продуктов, тканей и т.д. Кроме того, в набор входит положительный контроль.

Примечание: Данный набор не совместим с набором для количественного анализа библиотек Ion (кат. № 4468802). Для точного количественного анализа ампликонов, полученных с помощью этого набора, следует использовать универсальный набор для количественного анализа библиотек Ion (кат. № A26217).

Характеристики набора

• Метод детекции — ионное полупроводниковое секвенирование, праймер-зондовая детекция;
• тип образца — ДНК;
• оборудование — система Ion PGM;
• класс целевых организмов — все бактерии.

Состав набора

• Количество реакций — 250;
• буфер для разведения ДНК (7 мл), шт. — 1;
• 2X мастер-микс (0,8 мл на пробирку), шт. — 2 (хранение при температуре 2-8 °C);
• контроль ДНК E. coli (40 мкл), шт. — 1;
• вода для отрицательного контроля (1 мл), шт. — 1;
• набор 16S праймеров V2-4-8 (300 мкл), шт. — 1;
• набор 16S праймеров V3-6,7-9 (300 мкл), шт. — 1 (хранение при температуре от -5 до -30 °C).

Для использования с флуорометром Qubit.

Набор содержит по восемь стрип-контейнеров с реагентами, необходимыми для автоматизированной подготовки шаблонов и загрузки двух чипов Ion Torrent GX5 с помощью интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Этот набор в сочетании с набором GX5 Chip and Genexus Coupler обеспечивает гибкую, полностью автоматизированную подготовку шаблонов и загрузку чипов для библиотек, подготовленных с помощью интегрированного секвенатора Genexus или по другому протоколу. В рамках рабочего процесса Genexus Integrated Sequencer набор автоматизирует подготовку шаблонов и загрузку чипов GX5 для библиотек Ion AmpliSeq или Ion AmpliSeq HD с длиной чтений 200-400 п.н.

Содержимое и условия хранения

• Genexus Strip 4, от -10 до -30°;
• Genexus Strip 3-GX5, 2–8°C.

Рассчитан на 8 чипов Ion 540.

Набор содержит материалы, необходимые для проведения двух инициализаций и автоматического секвенирования двух многополосных чипов за запуск с помощью интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Набор автоматизирует секвенирование библиотек Ion AmpliSeq или Ion AmpliSeq HD с длиной чтений 200-400 п.н.

Содержимое и условия хранения

• Genexus Cartridge, от -10 до -30°C;
• Genexus Bottle 2, при комнатной температуре;
• Genexus Bottles 1 and 3, при комнатной температуре.

Набор чипов содержит 4 штрихкодированных чипа для секвенирования с помощью систем Ion S5 и Ion S5 XL. Чип Ion 540 Chip обнаруживает встраивание оснований под действием полимеразы без использования флуоресценции, благодаря чему позволяет проводить секвенирование 60-80 млн фрагментов длиной 200 п.н. в в течение всего 2,5 часов. Поддерживает различные исследовательские приложения, включая секвенирование до трех экзомов человека, профилирование транскриптома и целевое повторное секвенирование генных панелей.

Набор Ion Torrent GX5 Chip and Genexus Coupler включает два чипа GX5 и два соединителя для секвенатора Genexus, достаточные для двух запусков интегрированного секвенатора Ion Torrent Genexus. Чип GX5 генерирует 12-15 миллионов прочтений на дорожку, или 48-60 миллионов чтений на чип.