Набор индексов Illumina DNA/RNA UD Indexes (Set A B, C, D), Tagmentation (96 индексов, 96 образцов) представляет собой комплект из 96 уникальных двойных (UD) индексов длиной по 10 п.н., достаточных для одномоментной маркировки 96 образцов. Реагенты для пробоподготовки, обогащения библиотек и панели зондов приобретаются отдельно.

Применение UDI-кодов в протоколе пробоподготовки обеспечивает формирование высококачественных библиотек с минимальным уровнем фонового шума и эффективно нивелирует риск перескока индексов (index hopping), обусловленный образованием химерных конструкций в процессе кластерной амплификации. Благодаря биоинформатической обработки достигается максимальная точность демультиплексирования, что позволяет секвенировать значительно большее число образцов за один цикл без ущерба для качества данных. Мультиплексирование с использованием 384 UDI-кодов существенно снижает стоимость одного образца (per-sample cost) и увеличивает пропускную способность секвенирования за счет одновременной обработки нескольких образцов в одном проходе.

Набор обеспечивает расширенную совместимость с различными платформами Illumina и наборами для подготовки библиотек, предоставляя гибкое решение для высокопроизводительного секвенирования с оптимальным балансом между экономической эффективностью и достоверностью получаемых данных.

Хранение компонентов набора: необходимо хранить при -20 °C.

Набор Infinium Global Screening Array представляет собой усовершенствованный высокоплотный генотипирующий чип (BeadChip) на 48 образцов, обеспечивающий высокоэффективное, масштабируемое и экономически обоснованное решение для популяционных генетических исследований, скрининга вариантов и задач прецизионной медицины. Общее количество маркеров на чипе составляет 654 027, видовая принадлежность — Homo sapiens.

Генетическое содержание чипа сформировано на основе многоэтнического геномного контента, отобранного для обеспечения высокой точности импутации (>1%) по всем 26 популяциям проекта «1000 геномов». Версия 3.0 включает клинически значимый контент: варианты с установленными ассоциациями с заболеваниями, фармакогеномные маркеры, а также курируемый экзонный контент, полученный из авторитетных баз данных ClinVar, NHGRI, PharmGKB и ExAC.

Производительность и рабочий процесс обеспечивают высокопроизводительную обработку сотен и тысяч образцов в неделю с оптимизированным 3-дневным циклом пробоподготовки. Комплект включает удобную упаковку, содержащую BeadChips и полный набор реагентов для амплификации, фрагментации, гибридизации, маркировки и детекции генетических вариантов в рамках высокопроизводительного, стандартизированного протокола Infinium. Интеграция с системой iScan и специализированным программным обеспечением гарантирует получение высококачественных, воспроизводимых данных.

Набор для подготовки библиотек NGS, разработанный специально для платформы высокопроизводительного секвенирования Illumina. Вторая версия набора позволяет значительно уменьшить долю прочтений в библиотеке FFPE образцов ДНК с высокой производительностью и повысить надежность обнаружения однонуклеотидных вариаций (SNV). Этот набор объединяет фрагментацию ДНК, репарацию концов и достройку к ним dA-хвостов в один этап.

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на платформе секвенирования Illumina. Приготовление библиотек с помощью набора LIB Display состоит из двух этапов. В ходе первого этапа происходит Т–А лигирование Y-адаптеров с фрагментами исследуемой ДНК. На втором этапе проводят обогащение продуктов реакции методом ПЦР. Дальнейший анализ полученной библиотеки проводится методом NGS на платформах Illumina с использованием соответствующих реагентов.

В состав данного набора реагентов не входят Y-адаптеры с индексами. Для проведения этапа лигирования рекомендуется использовать набор адаптеров ADP Display. Возможно использование наборов от других производителей, в основе которых лежит принцип Т–А лигирования.

Преимущества набора LIB Display

• Небольшое количество исходного материала ДНК, нг – 10-100;
• получение библиотек за 4 часа;
• возможность использования с любыми наборами адаптеров, ориентированных на принцип Т-А лигирования;
• удобные протоколы-получение готовых библиотек в 2 этапа.

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
Смесь ферментов А	1		Синий	32	96	384
Смесь ферментов Б	1		Красный	8	24	96
Буфер А	1		Зеленый	48	144	576
Буфер Б	1		Желтый	40	120	480
Смесь праймеров	1		Черный	16	48	192
Вода для ПЦР	1		Белый	400	800	1900

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на высокопроизводительной платформе секвенирования Illumina. Компоненты 3 версии набора оптимизированы для более высокой скорости преобразования матричной ДНК (от 100 пг) в библиотеку NGS. Время реакции составляет всего 45 минут. Набор позволяет исследовать фрагментированную ДНК, вкДНК, ДНК из FFPE образцов и др. Все компоненты набора проходят строгий контроль качества и функциональную проверку, что в максимальной степени обеспечивает стабильность и воспроизводимость построения библиотеки.

Хранение компонентов набора: при – 20 °С в течении 12 месяцев.

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских и клинических задач, включая высокопроизводительное секвенирование таргетных панелей различных размеров (от сотен до тысяч генов), полноэкзомное секвенирование (WES) с глубиной покрытия, достаточной для детекции низкочастотных соматических мутаций, а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных, грибных и эукариотических организмов с вариабельным уровнем покрытия. Единая реагентная схема обеспечивает совместимость с большинством протоколов пробоподготовки, реализованных на платформе Illumina, что делает набор универсальным инструментом для лабораторий, работающих с разнообразными типами библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 75% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 26;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 32,5-39.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой выходной мощности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских и клинических задач, включая высокопроизводительное секвенирование таргетных панелей различных размеров (от сотен до тысяч генов), полноэкзомное секвенирование (WES) с глубиной покрытия, достаточной для детекции низкочастотных соматических мутаций, а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных, грибных и эукариотических организмов с вариабельным уровнем покрытия. Единая реагентная схема обеспечивает совместимость с большинством протоколов пробоподготовки, реализованных на платформе Illumina, что делает набор универсальным инструментом для лабораторий, работающих с разнообразными типами библиотек — от фрагментированной геномной ДНК до ампликонных и РНК-библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 29;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 100-120.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 2000 представляют собой высокопроизводительную реагентную систему нового поколения, разработанную для максимальной эффективности на платформе средней производительности Illumina. Комплектация включает три готовых к установке автономных картриджа: реагентный картридж, содержащий модифицированные нуклеотиды с обратимыми терминаторами и высокопроцессивную ДНК-полимеразу с корректурной активностью; проточную ячейку с оптимизированной поверхностной химией, обеспечивающей высокую плотность посадки кластеров и равномерное покрытие; и буферный картридж.

Благодаря увеличенной пропускной способности и усовершенствованной химии набора, данный продукт находит применение в широчайшем спектре исследовательских задач, демонстрируя высокие показатели производительности в различных типах экспериментов:

• полноэкзомное секвенирование (WES): при стандартной глубине покрытия 90× и выходе 8 Гб данных на образец, набор позволяет обрабатывать до 30 образцов за единичный запуск, что делает его оптимальным инструментом для клинических исследований и скрининга наследственных заболеваний;
• профилирование транскриптома (RNA-Seq): при стандартной глубине 50 млн парных ридов на образец, производительность достигает 24 образцов за запуск, обеспечивая высокую чувствительность детекции низкоэкспрессируемых транскриптов и изоформных вариантов;
• секвенирование мРНК (mRNA-Seq): при 25 млн парных ридов на образец, набор позволяет обрабатывать до 48 образцов за запуск, что существенно снижает стоимость полнотранскриптомного анализа в масштабных экспериментах и обеспечивает статистически значимую мощность. дифференциальной экспрессии.

Таким образом, единая реагентная схема обеспечивает универсальность применения — от количественного анализа экспрессии генов и детекции альтернативного сплайсинга до выявления редких клинически значимых вариантов в экзоме и идентификации соматических мутаций в онкогенных панелях.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 90% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 31;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 240.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Планшет содержит готовые к использованию праймеры для создания высокопроизводительных мультиплексированных библиотек, совместимых с платформой Illumina. Индексные последовательности встраиваются в ампликоны непосредственно в процессе ПЦР-амплификации. Данный комплект (первый из двух доступных) включает 96 предварительно смешанных уникальных комбинаций праймеров с индексами i5 и i7, расфасованных в индивидуальную 96-луночную планшету. Формат поставки рассчитан на проведение 5 реакций для каждого индекса.

Праймеры демонстрируют полную совместимость с наборами для подготовки библиотек: SG GM, SG GM Maxi, SG GM Plus, SG GM Ampli, SG GM Maxi Plus.

Условия хранения: требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Набор предназначен для количественной оценки библиотек, созданных при помощи набора Illumina TruSeq Kit при помощи капельной ПЦР.

Набор позволяет эффективно захватывать все подтипы РНК для составления единой библиотеки, даже при работе с образцами небольшой массы и невысокого качества:

• идеален для количественно малых и сложных образцов;
• валидирован на FFPE образцах и других образцах низкого качества;
• оптимизированный протокол (время выполнения менее 4 часов);
• интегрирован с ПО анализа данных SeqSense NGS Data Analysis Software в единую биоинформационную систему;
• совместим со всеми платформами для секвенирования Illumina.

Для получения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования для работы с набором предназначены высококачественные уникальные парные праймеры с двойным индексированием (предлагаются в вариантах на 12 или 96 UDI-праймеров).

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой пропускной способности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широком спектре исследовательских задач, включая целевое секвенирование таргетных панелей различного размера, полноэкзомное секвенирование (WES), а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных и эукариотических организмов. Универсальность набора позволяет адаптировать протокол под различные типы библиотек без дополнительной модификации реагентной схемы.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 18;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 50-60.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

Наборы реагентов для систем секвенирования NextSeq 500/550 представляют собой комплексное, интегрированное решение, включающее все необходимые реактивы для проведения полноформатных секвенирующих запусков на данной платформе. Комплектация предусматривает три готовых к использованию картриджа: реагентный картридж с ферментативным мастер-миксом, проточную ячейку с иммобилизованной олигонуклеотидной поверхностью для кластерной амплификации и буферный картридж, обеспечивающий стабильность рабочих параметров на протяжении всего цикла секвенирования.

Благодаря высокой пропускной способности и оптимизированной химии набора, данный продукт находит применение в широком спектре исследовательских задач, включая целевое секвенирование таргетных панелей различного размера, полноэкзомное секвенирование (WES), а также скрининг полных геномов (WGS) бактериальных и эукариотических организмов. Универсальность набора позволяет адаптировать протокол под различные типы библиотек.

Характеристики

• Качество секвенирования — ≥ 80% оснований имеют качество выше Q30;
• время запуска, ч — 15;
• количество данных на одну проточную ячейку за запуск, Гб — 16,25-19,5.

Срок годности и температура хранения компонентов набора:

• картридж — от -25 °C до -15 °C, 6 месяцев;
• ячейка — 2-8 °C, 6 месяцев;
• RSB (картридж с буферами) с Tween 20 — 2-8 °C, 6 месяцев.

Набор для подготовки библиотек NGS, специально оптимизированный для высокопроизводительной платформы секвенирования Ion Torrent. Новая версия набора значительно увеличивает скорость преобразования и выход амплифицированной библиотеки за счет улучшения модуля восстановления концов, модуля лигирования и модуля амплификации библиотеки. Набор применим для подготовки библиотек NGS из различных образцов.

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для создания NGS библиотек на платформе высокопроизводительного секвенирования BGI. В набор входят двойные адаптеры, представляющие собой уникальные молекулярные идентификаторы (Unique Molecular Identifiler, UMI) из 5-6 нуклеотидов, а также смесь пар уникальных праймеров (Unique Dual Barcode Primer, UDB Primer). Набор незаменим для создания библиотек ДНК с двусторонним индексированием, состоящих из нескольких образцов, без перекрестных помех и с возможностью обнаружения низкочастотных мутаций. Набор подходит для исследования таких образцов как геномная ДНК, вкДНК, ДНК, полученная из FFPE образцов и др.

Состав набора:

Хранение компонентов набора: при – 30... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для высокоэффективного приготовления секвенирующих библиотек из готовых ампликонов длиной до 600 п.н., предназначенных для работы на платформах Illumina. Ключевым преимуществом методики является исключение этапа фрагментации, поскольку исходным материалом служат уже готовые ПЦР-продукты (ампликоны) целевых геномных локусов. Это не только значительно ускоряет процесс пробоподготовки, но и позволяет избежать нежелательной деградации ДНК и потери материала, обеспечивая высокий выход целевых последовательностей. Процедура оптимизирована для работы с входным количеством ДНК в диапазоне от 10 до 100 нг, что охватывает большинство стандартных задач в области таргетного секвенирования, включая панели генов и поиск точечных мутаций.

Особенности набора SG GM Ampli

• Исключена стадия очистки между процессами репарации и последующего лигирования, что сокращает продолжительность подготовки проб, а также снижает риск возникновения ошибок и перекрестной контаминации;
• индексы вносятся в библиотеку при помощи ПЦР, индексные праймеры совместимы с праймерами по технологии Illumina TrueSeq;
• оптимальное число циклов ПЦР — 6.

Состав набора SG GM Ampli

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Реагенты для очистки: парамагнитные частицы на основе технологии SPRI (например, Smart beads, Raissol, арт. #smartb 50/120/240) для селективного осаждения и отмывки фрагментов ДНК на различных стадиях протокола.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM Ampli требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 96/7

• Набор Holotype HLA 96/7 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 96-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 96 образцов;
• типирование по 7 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DPB1, DQA1, DQB1 и DRB1);
• набор Holotype HLA 96/7 может быть выполнен в одной из 3-х конфигураций, A, B, C, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A стандартная идентификация от 1 до 96, в В — от 97 до 192, в С — от 193 до 288. Совместное использование 3-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 288 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 96/5

• Набор Holotype HLA 96/5 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 96-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 96 образцов;
• типирование по 5 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DRB1, DQB1);
• набор Holotype HLA 96/5 может быть выполнен в одной из 3-х конфигураций, A, B, C, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A стандартная идентификация от 1 до 96, в В — от 97 до 192, в С — от 193 до 288. Совместное использование 3-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 288 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

Наборы Holotype HLA — это современное решение для диагностики и определения человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Они работают на основе метода секвенирования следующего поколения (NGS) на платформах Illumina и GeneMind. Эти наборы реагентов сочетают в себе высокую точность и удобство использования, позволяют получить информацию о гистосовместимости 5, 7, 11 локусов HLA в зависимости от типа набора. Материал для исследования — образцы геномной ДНК человека.

Подготовка образцов

• Анализ по 5 (А, В, С, DRB1, DQB1), 7 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1) или 11 (А, В, С, DRB1, DQB1, DPB1, DQA1, DRB3, DRB4, DRB5, DPA1) локусам HLA;
• для амплификации 11 локусов требуется менее 0,8 мкг ДНК;
• исходный материал — периферическая кровь, слюна, буккальный эпителий;
• одновременная загрузка до 288 образцов на стандартной проточной ячейке в 300 циклов с плотностью кластеров до 1000 K/mm².

Подготовка библиотеки

• Подготовка библиотеки для 24 образцов занимает 4 часа практического времени;
• получение результатов менее чем за 48 часов;
• библиотеки Holotype можно комбинировать с другими библиотеками, это позволит оптимизировать затраты на процесс секвенирования.

Секвенирование

• Секвенирование проводят на платформах Illumina: MiniSeq, MiSeq, iSeq и NextSeq, и на платформе GeneMind: FASTASeq 300;
• наборы совместимы с проточными ячейками любого размера в зависимости от необходимой пропускной способности;
• поддерживается химия на 300 и 500 циклов.

Анализ данных с помощью программного обеспечения HLA TWIN

• Полностью автоматизированный анализ после запуска секвенирования на платформе Illumina и GeneMind;
• время анализа образца из 11 локусов менее 5 минут с рекомендуемыми характеристиками;
• два независимых алгоритма генотипирования;
• 24 показателя контроля качества для получения достоверных результатов;
• сбалансированное покрытие между аллелями в локусе, между локусами в образце и среди образцов;
• глубокое и равномерное покрытие по всей длине целевого региона.

Технические характеристики Набора Holotype HLA 24/7

• Набор Holotype HLA 24/7 содержит все необходимые праймеры и реагенты, а также 24-луночный планшет для подготовки библиотеки;
• один набор рассчитан на анализ 24 образцов;
• типирование по 7 локусам HLA — I класса (A, B и C) и II класса (DPB1, DQA1, DQB1 и DRB1);
• набор Holotype HLA 24/7 может быть выполнен в одной из 4-х конфигураций, A1, A2, A3, A4, отличающихся идентификационными номерами лунок в планшете для подготовки библиотек. В конфигурации A1 стандартная идентификация от 1 до 24, в А2 – от 25 до 48, в А3 — от 49 до 72, в А4 — от 73 до 96. Совместное использование 4-х конфигураций набора позволяет одновременно проанализировать до 96 образцов;
• ПО в комплекте;
• наличие регистрационного удостоверения МИ (РЗН 2024/23361).

Набор реагентов SG GM Plus представляет собой усовершенствованное решение для полной подготовки секвенирующих библиотек по методу дробления (Shotgun Sequencing). Технология основана на ферментативной фрагментации ДНК, которая позволяет получать фрагменты заданного размера, начиная от 130 п.н., из различных типов исходного материала — геномной ДНК или ДНК-ампликонов длиной свыше 800 п.н. Ключевым преимуществом набора является встроенная оптимизация протокола за счет включения магнитных частиц для очистки, что значительно сокращает общее время подготовки проб и минимизирует риски потери материала. Набор обеспечивает высокую воспроизводимость результатов при работе с широким диапазоном входных количеств ДНК: рекомендуется 200 нг для геномной ДНК и 100 нг для ПЦР-продуктов.

Особенности набора ShotGun Plus, SG GM Plus

• Путем варьирования времени ферментативной фрагментации существует возможность регулирования размеров получаемых фрагментов;
• обработка фрагментированной ДНК не требует проведения стадии очистки после завершения этапа фрагментации;
• процессы репарации и лигирования выполняются последовательно в одной реакционной пробирке;
• очистку после стадии лигирования рекомендуется выполнять с применением парамагнитных частиц по технологии SPRI (метод селекции ДНК по длине, применяемый для выделения фрагментов ДНК заданного размерного диапазона из смеси фрагментов различной длины);
• введение индексов в библиотеку осуществляется методом ПЦР, индексные праймеры обладают совместимостью с праймерами платформы Illumina TrueSeq;
• оптимальное количество циклов амплификации — 8.

Состав набора ShotGun Plus, SG GM Plus

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• ДНК-нуклеаза;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент
• элюирующий буфер;
• магнитные частицы.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM Plus требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

Набор реагентов SG GM предназначен для ферментативной подготовки полногеномных секвенирующих библиотек по технологии Shotgun Sequencing. Данный метод подразумевает исследование генома за счет его случайной фрагментации ферментом — с последующим секвенированием полученных коротких фрагментов и их сборкой in silico. Использование ферментативного подхода позволяет точно контролировать размер получаемых фрагментов (от 130 п.н.) путем регулирования времени реакции, что обеспечивает высокую воспроизводимость результатов. Набор демонстрирует универсальность, работая как с геномной ДНК, так и с длинными ампликонами (свыше 800 п.н.), что делает его идеальным инструментом для решения задач de novo секвенирования, метагеномного анализа и полнотранскриптомного секвенирования (RNA-Seq).

Особенности набора ShotGun, SG GM

• Путем варьирования продолжительности ферментативной фрагментации можно контролировать размер получаемых фрагментов;
• стадии репарации и лигирования выполняются последовательно в одной пробирке;
• очистку после стадии лигирования рекомендуется проводить с применением парамагнитных частиц по технологии SPRI (метод селекции ДНК по длине, применяемый для выделения фрагментов ДНК заданного размерного диапазона из смеси фрагментов различной длины);
• индексы вводятся в библиотеку с помощью ПЦР, индексные праймеры совместимы с праймерами платформы Illumina TrueSeq;
• оптимальное количество циклов ПЦР — 8.

Состав набора ShotGun, SG GM

• 3 в 1 буфер;
• 3-фермент;
• ДНК-нуклеаза;
• лигазный буфер;
• лигаза;
• адаптеры;
• ПЦР буфер;
• ПЦР фермент 1;
• ПЦР фермент.

Обратите внимание, что следующие компоненты, необходимые для завершения подготовки библиотек, в комплект не входят и приобретаются отдельно.

Реагенты для очистки: парамагнитные частицы на основе технологии SPRI (например, Smart beads, Raissol, арт. #smartb 50/120/240) для селективного осаждения и отмывки фрагментов ДНК на различных стадиях протокола.

Праймеры для индексирования: комплекты уникальных праймеров (#Plate1_SG_GM и #Plate2_SG_GM), необходимые для введения индексов и последующего объединения (мультиплексирования) образцов в одном потоке секвенирования на платформах Illumina.

Условия хранения: для всех компонентов набора SG GM требуется соблюдать температурный режим хранения -20 °C, срок годности — 12 мес.

S100 — это настольный секвенатор, отличающийся компактным размером, интуитивно понятным управлением, высокой точностью секвенирования, гибкостью адаптации к различным сценариям и широким спектром выполняемых задач. Единственный прибор для массового параллельного секвенирования, в котором внедрен алгоритм коррекции ошибок (Error Correction Code), что позволяет повысить точность секвенирования в 10 раз.

Генерации кластеров ДНК и секвенирование осуществляются в одном приборе, без выполнения ручных операций. Два режима секвенирования: сверхбыстрый (BitSeq), подходящий для определения количественной структуры цепи (делеции, дупликации, небольшие CNV) и сверхточный (ECC), подходящий и для детекции низкочастотных вариантов.

Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений.

Основные применения секвенатора S100

• Таргетное секвенирование (ампликоны, панели генов);
• секвенирование транскриптомов;
• метагеномное секвенирование;
• детекция низкочастотных вариантов;
• анализ степени метилирования ДНК;
• анализ ДНК-белковых взаимодействий;
• секвенирование свободно-циркулирующей ДНК;
• НИПТ, ПГТ-А;
• секвенирование экзома;
• полноэкзомное секвенирование.

Характеристики секвенатора S100

• Количество рабочих ячеек секвенатора, шт. — 1;
• возможность управления прибором с помощью сенсорного экрана;
• максимальное количество прочтений на одну ячейку, млн — 200;
• максимальная производительность за один полный запуск прибора, Гб — 30;
• поддержка одноконцевых и парноконцевых прочтений;
• максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при чтении с одного конца, нуклеотидов —150;
• максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при парноконцевом чтении, нуклеотидов — 300;
• совместимость с библиотеками для секвенирования на платформах Illumina, Ion Torrent;
• средняя точность прочтения по результатам всего запуска (Q40) больше 80% оснований с точностью прочтения 99,99%;
• требования к сети — 220 В; 50 Гц;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 550×650×650;
• вес инструмента, кг ≤ 80.

Комплектация:

• секвенатор;
• стартовый набор для инсталляции и обучения;
• источник бесперебойного питания;
• управляющий ПК (Операционная система — Windows 10 Pro, CPU：2,4 GHz*2. Память: 128 GB; Hard Disk 1 TB;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

• Одновременный прогон до 5 образцов;
• напряжение при электрофорезе, В — 25, 100 и 150 (постоянный ток), или 100 в режиме пульс-электрофореза;
• ток (на каждую дорожку), мА — 2 или 3;
• длина волны возбуждения, нм — 470;
• длина детекции, нм — 525;
• максимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, мкг — 5;
• минимальная нагрузка фрагментированной геномной ДНК на дорожку, нг — 15;
• размер ДНК - 100 bp - 50 kb;
• точность выделения, % - > 93;
• воспроизводимость выделения, % - > 92;
• минимальное распределение по размерам, % - 8;
• выход образца, % - 50-80;
• габариты, ШхГхВ, см — 28х53х18;
• вес, кг — 7.

Области применения:

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina);
  5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies);
  GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• улучшение библиотек при проведении эмульсионной ПЦР с помощью систем QX100 и QX200 с автоматической системой генерации капель (Bio-Rad);
• выделение НК и белков.

Принцип работы: в системе используются готовые картриджи на пять изолированных капилляров, заполненных агарозным гелем разной процентной концентрации, которая выбирается пользователем в зависимости от величины фрагмента образца. В конце каждого капилляра имеется Y-образное разветвление. Оба выходящих капилляра имеют независимое подключение к катодам. Движение фрагментов ДНК в капилляре как и в «классической» методике происходит под действием тока, но при приближении фрагментов ДНК требуемого размера к месту разветвления, происходит переключение катодов, и искомый фрагмент попадает в боковое ответвление капилляра и собирается в канале для сборки. Для проведения электрофореза нуклеиновых кислот используется Tris-TAPS (или Трис-ТАПС) буфер, для белков — SDS-буфер. Программное обеспечение определяет время элюирования на основе миграции ДНК-маркера.

4 режима программирования:

1. Tight (узкий) – сбор коротких фрагментов образца, выбирается в основном для работы с молекулами небольших размеров.
2. Range (диапазон) – пользователь может сам выбрать диапазон размера фракций который ему необходим. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
3. Time (время) – коллекционирование образцов происходит в зависимости от заданного времени. Подход используется, когда не важна высокая точность исследования.
4. Peak (пик) – сбор пиков (нескольких фрагментов разного размера).

3 стратегии детектирования фракций:

• Для ДНК малых размеров (90 п.н. -1,5 тыс.п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внутренними флуоресцентно-мечеными маркерами. В качестве внутренних стандартов используются флуоресцентно-меченые маркеры ДНК, определенной молекулярной массы. Добавляются в лунку совместно с исследуемым образцом. Одновременно возможен анализ 5 образцов.
• Для ДНК больших размеров (> 2 тыс. п.н.):
  Стратегия без окрашивания с внешним флуоресцентно-меченым маркером. В качестве внешнего стандарта используется флуоресцентно-меченый маркер ДНК определённой молекулярной массы, добавляется в отдельную лунку. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.
• Для выделения ДНК с дорожки (band capture) (> 2 тыс. п.н.):
  Окрашивание образцов флуоресцентным красителем Midori Green. Образцы окрашиваются флуоресцентным красителем Midori Green. Одновременно возможен анализ 4 образцов + 1 внешний стандарт.

Преимущества метода:

• Время подготовки — 3 минуты, время проведения самой процедуры — 50-100 мин в зависимости от размеров фрагментов.
• Благодаря готовым гелевым чипам достигается максимальная воспроизводимость экстракции и, как следствие, более точный результат секвенирования.
• Каналы, в которых идёт разгонка, полностью изолированы друг от друга, что снижает риск перекрёстной контаминации.
• Отбор осуществляется, автоматически в соответствии с заданным через ПО диапазоном длин фрагментов, что может использоваться для секвенирования спаренных концов.
• Отбор образцов из пробоотборной камеры производится вручную с помощью стандартного дозатора.

Схема работы:

1. Пробоподготовка:
• Подготовка материала, если используются внутренние стандарты: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл флуоресцентно - меченного маркера.
• Подготовка материала, если используется внешний стандарт: образец ДНК довести до 30 мкл ТЕ буфером, добавить 10 мкл загрузочного раствора. 40 мкл готового стандарта помещается в отдельную дорожку.
• В случае с красителем Midori Green, 40 мкл красителя помещается в каждую из пяти + буферную камеру и при включении тока будет двигаться на встречу образцам.
2. Эксперимент:
• Выбираем картридж в соответствии со стратегией, с помощью которой будет производиться детектирование НК;
• помещаем картридж в прибор и выбираем её в ПО из списка предложенных программой (ПО само установит все необходимые параметры для проведения электрофореза под выбранный картридж);
• По истечении времени, заданного программой, образец аккуратно собираем из коллектора фракций пипеточным дозатором.

Информация о свежих статьях:

1. Nature Methods. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies (июнь, 2015); Authors: Matthew Pendleton, Robert Sebra, Andy Wing Chun Pang, Ajay Ummat et al.
2. BioTechniques. Optimization and cost-saving in tagmentation-based mate-pair library preparation and sequencing. (май, 2015) DOI:10.1038/nmeth.3454; Authors: Kaori Tatsumi, Osamu Nishimura, Kazu Itomi, Chiharu Tanegashima, and Shigehiro Kuraku.

Видео:
Системы препаративного электрофореза BluePippin и Pippin Prep

Для проведения пульс-электрофореза применяется специальный источник питания Pippin Pulse.

Набор адаптеров предназначен для приготовления библиотек ДНК для дальнейшего секвенирования методом NGS на платформах Illumina. Использование адаптеров обеспечивает связывание исследуемых фрагментов дцДНК с поверхностью проточной ячейки секвенатора и их идентификацию. Лигирование адаптеров, содержащих уникальные последовательности (индексы), к фрагментам исследуемой дцДНК позволяет однозначно маркировать исследуемые образцы и проводить секвенирование нескольких образцов в одной проточной ячейке.

Лигирование адаптеров и дальнейшее обогащение библиотек рекомендуется проводить с помощью набора для подготовки NGS библиотек LIB Display.

Состав набора адаптеров ADP Display

• Набор из 8 адаптеров "ADP Display (8)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 8 образцов, всего 32 библиотеки.
• Набор из 24 адаптеров "ADP Display (24)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 24 образца, всего 96 библиотек.
• Набор из 96 адаптеров "ADP Display (96)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 96 образцов, всего 384 библиотеки.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Автономное решение для деплеции рибосомальной РНК после подготовки библиотеки. Позволяет уменьшить число фрагментов при картировании РНК, сохраняя больше фрагментов в транскриптоме.

Особенности:

• Эффективное удаление фрагментов рибосомальной РНК из библиотеки;
• идеален для небольшого количества материала и невысокого качества;
• совместимость с большинством наборов для подготовки библиотек РНК, используемых на платформах для секвенирования Illumina;
• универсальный протокол позволяет выполнять деплецию РНК из нескольких библиотек в рамках одной реакции.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Набор содержит 12 уникальных адаптеров с двойным индексом в 12 отдельных флаконах с объемом, достаточным для восьми реакций в каждом флаконе.

Двойные индексированные праймеры SEQuoia представляют собой высококачественные, готовые к использованию пары праймеров с индексами i5 и i7, которые предназначены для использования с наборами для подготовки библиотек SEQuoia Complete Stranded RNA Library для создания библиотек для мультиплексного секвенирования с использованием платформ Illumina. Нуклеотидная последовательность каждого набора праймеров сбалансирована для достижения оптимальных результатов мультиплексного секвенирования.

Планшет содержит 96 уникальных адаптеров с двойным индексом, расположенных вдоль колонок в 96-луночном планшете для ПЦР.

Товар временно недоступен. Аналог: C100001, BiOptic.

Система Bioanalyzer 2100 использует микрофлюидную технологию LabChip, обеспечивает высокую точность результатов при минимальных объемах исследуемого образца. В системе используется два принципа анализа: электрофореза и проточной цитометрии.

• Источник света — светодиодный лазер;
• длина волны эмиссии, нм — 635;
• фотоэмиссионный детектор;
• длина волны детекции, нм — 685;
• фильтры эмиссии, нм — 488, 638 нм;
• формат — 16-луночные чипы;
• подключение к ПК — USB 2.0;
• габариты, ШхГхВ, мм — 162 × 412 × 290;
• вес, кг — 10.

• приготовление библиотек при проведении NGS на секвенаторах ДНК HiScan SQ, HiSeq 2000, MiSeq (Illumina); 5500 xl W, 5500w, Ion Torrent IonProton, Ion Torrent PGM (Life Technologies); GS FLX+, GS Junior (Roche);
• подготовка образцов для парноконцевого секвенирования, ChIP-секвенирования;
• выделение белков и НК;
• контроль качества синтезированной in vitro матричной РНК, контроль чистоты выделенной РНК (RIN - RNA Integrity Number);
• определение уровня апоптоза;
• оценка жизнеспособности и пролиферации клеток;
• оценка экспрессии белков в результате связывания с антителами;
• оценка экспрессии белков с помощью зелёного флуоресцентного белка (green fluorescent protein, GFP);
• оценка эффективности трансфекции миРНК (siRNA).

• система позволяет анализировать ДНК, РНК, белки, клетки с использованием одного прибора;
• чувствительность, пг/мкл — 5 (для ДНК), 50 (для РНК), 1 (для белков);
• максимальная загрузка чипа — до 12 образцов на один чип;
• объем исходного образца, мкл — 1 (для ДНК и РНК), 4 (для белков), 10 мкл (для клеток);
• время анализа, мин — 25-45, в зависимости от используемого чипа.

Характеристики чипов: